細胞質遺傳是指子代的性狀由細胞質內的基因所控制的遺傳現象和遺傳規律。
細胞質基因：線粒體、葉綠體中的DNA上和細胞質粒上的基因。
實例：高等植物葉綠體的遺傳：有幾種高等植物有綠白斑植株，如紫茉莉、藏報春、加荊介等。
真菌類的線粒體遺傳：1、酵母菌小菌落的遺傳
2、鏈孢黴緩慢生長型的遺傳：鏈孢黴有一種緩慢生長突變型，呼吸弱，生長慢，這是由於線粒體結構和功能不正常，細胞色素氧化酶缺少，氧化作用降低，生長緩慢。
進行有性生殖時，正反交結果不同：雜交後代不出現一定的分離，表現非孟德爾式遺傳。如果突變型的單倍體核(♂)和野生型的受精絲中的單倍體核(♀)結合(雜交)，得到的後代全是野生型，反之全是突變型
