1、化學成分不一樣
瑪瑙，主要成分爲二氧化硅，由於與水化二氧化硅（硅酸）交替而常重複成層。因其夾雜氧化金屬，顏色可從極淡色以至暗色。用鐵、鈷、鎳等鹽類，任它們自然滲透於硅酸凝膠中，能人工製成"瑪瑙"，天然瑪瑙可能亦是在相似情形下生成的。
綠松石，一種含水的銅鋁磷酸鹽，歸類於磷酸鹽礦物。這是一種水流沉澱生成的礦物。綠松石在液態浸流沉澱生成的過程中顏色從藍、綠色到淺綠、淺黃色。
2、產地不一樣：
中國瑪瑙產地分佈也很廣泛，幾乎各省都有，著名產地有：雲南、黑龍江遜克、遼寧、河北、新疆、寧夏、內蒙古等。
綠松石，北竹山縣、鄖西縣、安徽馬鞍山、陝西白河、河南淅川、新疆哈密、青海烏蘭等地均有綠松石產出，其中以湖北鄖縣、鄖西、竹山一帶的優質綠松石爲世界著名產地。
3、色澤不一樣
各種級別的瑪瑙，都以紅、藍、紫、粉紅爲最好，顏色要透亮，且應該無雜質、無沙心、無裂紋。
綠松石，天藍色，極具特徵性，以至於成了一種標準色----綠松石色。其餘有深藍、淡藍、湖水藍、藍綠、蘋果綠、黃綠、淺黃、淺灰色。銅導致了藍色，鐵在化學成分中可以替代部分鋁，使綠松石呈現綠色，水的含量也影響着藍色的色調。
