水蚤消毒方法多种多样，建议采用压气机、气石泵充气，在大塑料桶或木桶，桶容积100公升左右（可装水170~200斤），用其80%的容量，每次可消毒40-50kg的水蚤（虫：水=1：1），在不断充气的刺激下，水蚤活力不致衰减，用以消灭病原体的抗菌素可采用盐酸土霉素0.5克/kg水或恶喹酸0.5克/kg水等药物配合食盐5‰一起使用，或用ClO2或高锰酸钾等亦可，如此处理1至数小时。
药浴后的水蚤，再次放到水蚤池的水头上去冲水漂洗，以洗去死虫、残药，喂食之前捞起，经加入保肝宁4#2~3g/kg水蚤+南大-鳗康素2g/kg水蚤，搅拌均匀后直接投喂。
