新一出现
1、第001话 云霄飞车杀人事件
高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。
某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。
2、第172话 飞天密室
小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情，当时正值深夜，飞机上所有的人都在睡觉，突然传来一声尖叫，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害，碰巧目暮警官也在飞机上。
于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查，在寻找凶器无果后，新一想到凶器一定就在凶手身上。
3、第173话 飞天密室
新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线，虽然鹭沼的嫌疑最大，但新一却说凶手不是他，因为他被真凶所利用，推理一步步接近真相。
小兰被绑架
1、第316话 爱与决断的冲击(上集)
参加网球比赛的柯南他们来到熊本县。市内观光的途中，园子捡到一部手机。手机的画面上是“想要遇见那个孩子”的短信。园子与小兰得到与园子同名女子的恋人的帮助，带着手机出现在咖啡店。
小兰无意中听到两人的危险谈话被绑架，而在小兰打来的电话中柯南他们开始进行调查决心已定要组织这场谋杀！
2、第317话 爱与决断的冲击(下集)
出席熊本网球大会的柯南他们，大会当日小兰被诱拐。柯南回想小兰电话中内容判断出小兰现在咋横滨并在获悉园子所拾到的手机中接收到的两条短信的内容后，知道内容来自仓库。在救出小兰之后众人发现立川的目的。
颁奖典礼上立川果然当中刺杀成增先生。在来苑子的说服下，最终立川放下手中的刀，放弃了这种极端的复仇之路。
3、第605话 鹳的探索之旅(小兰搜索篇)
为了让扭伤脚的柯南疗养脚伤，大伙儿一起来到城崎温泉，然而，小兰却突然失踪，柯南从光彦他们所拍的照片上看到小兰和一个小女孩在一起，同时照片上还出现了一个行踪可疑的男人。这时，柯南他们遇到了服部，他受人委托前来找一个叫阳菜的女孩，而她正是和小兰在一起的那个孩子。
据阳菜的父亲周平所说，在阳菜失踪的同时他美术馆里的展品彩虹之子也不翼而飞。就在大家四处进行寻找时，阳菜和小兰遇到了危险。
