原理不同。环氧乙烷灭菌是化学灭菌方法之一，环氧乙烷是一种这种广谱灭菌剂，利用的是它能够能与微生物上的蛋白质上羧基(-COOH)、氨基(-NH3)、羟基(-OH)等发生反应，使蛋白质失去活性而致使微生物死亡这一原理，从而达到了灭菌的目的。而伽马射线灭菌通过射线照射后，灭菌对象上的微生物它的化学物质(DNA)会发生变化，细胞活性丧失，从而达到灭菌的目的，它是辐射灭菌方法之一。
操作步骤不同。环氧乙烷灭菌包括预处理、抽真空、加气体、气体作用过程、换气等一系列步骤。伽马射线灭菌过程由灭菌验证和辐照过程两大部分构成，工作开始前对灭菌程序中的灭菌环境、灭菌设备、灭菌产品进行的可操作性方面的确认，无误后方可进行辐照过程。
