辐射灭菌和环氧乙烷灭菌原理不同。
环氧乙烷是一种广谱灭菌剂，可在常温下杀灭各种微生物，包括芽孢、结核杆菌、细菌、病毒、真菌等。环氧乙烷杀灭微生物是由于它能与微生物的蛋白质，DNA和RNA发生非特异性烷基化作用。以蛋白质为例，蛋白质上的羧基、氨基、硫氢基和羟基被烷基化，使蛋白质的正常的生化反应和新陈代谢受阻，导致微生物死亡。环氧乙烷经水解转化成乙二醇，乙二醇也具有一定杀菌作用。
辐照灭菌，是利用放射性同位素辐射出的高能γ射线破坏掉微生物的生物分子，从而彻底杀灭微生物。由于γ射线穿透能力强，辐照灭菌可以对整箱整箱密封包装好的物品进行深度灭菌，灭菌过程快捷简便，且辐照处理过的产品可立即使用，不用担心有害化学物质或放射性的残留。
