不会。相反办理相关手续后，还会为你报销生小孩的医疗费用。另外，还可以领取生育津贴，相当于请产假期间工资。医保个人账户卡上的余额是不会扣除的，除非自愿抵扣个人应负担的医疗费用。
生孩子会是否会扣医保卡余额与用户在就诊时是否刷了医保卡有关，具体如下：
1、如若用户刷了医保卡，那么用户在生孩子出院时，医院系统会自动进行报销结算，此时会优先使用用户医保卡的余额进行报销，如若余额不足，用户需要使用现金进行结算。
2、如若用户没有刷医保卡，那么就不会扣余额，用户直接使用现金结算。
如果是用社保办理住院的话，会从里面划扣费用，至于划扣多少，以实际就医收费为准，里面累计的钱多，可能不会话扣完，钱少的话，还需要自己给现金。
