16S rRNA具有高度的保守性和特異性以及該基因序列足夠長（包含約50個功能域）。隨著PCR技術的出現及核酸研究技術的不斷完善，16S rRNA基因檢測技術已成為病原菌檢測和鑑定的一種強有力工具。資料庫的不斷完善，應用該技術可以實現對病原菌進行快速、微量、準確簡便地分類鑑定和檢測。該技術主要有三個步驟：首先是基因組DNA的獲得，其次是16S rRNA基因片段的獲得，最後是進行16S rRNA基因序列的分析。
核蛋白體RNA( ribosomal RNA， rRNA)是細胞內含量最多的RNA，約佔RNA總量的80%。rRNA與核蛋白體蛋白(ribosomalprotein)共同構成核蛋白體(ribosome)。核蛋白體中的rRNA和核蛋白體蛋白共同為蛋白質生物合成所需要的mRNA、tRNA以及多種蛋白因子提供了相互結合和相互作用的空間環境。
原核生物有三種rRNA。依照它們的沉降係數可分為5S、16S、23S。它們分別與不同的核蛋白體蛋白質結合分別形成了核蛋白體的大亞基(largesubunit)和小亞基(smallsubunit)。真核生物的四種rRNA也利用類似的方式構成了核蛋白體的大亞基和小亞基。
