两者各有所指，区别在于：
被告，在民事案件中，是指侵犯原告利益，需要追究民事责任，并经法院通知其应诉的人在行政诉讼中，公民、法人或其他组织认为某具体行政行为侵犯其合法权益而依法向人民法院提起的诉讼中，作出该具体行政行为的行政机关及人员。
第三人，是指对于已经开始的诉讼，以该诉讼的原被告为被告提出独立的诉讼请求，或者由该诉讼中的原告或者被告引进后主张独立的利益，或者为了自己的利益，辅助该诉讼一方当事人进行诉讼的参加人。
1、 含义不同
共同犯罪的刑事被告人是指在共同犯罪案件中，有共同的犯罪故意、实施了共同犯罪行为，同时达到刑事责任年龄和具备刑事责任能力的被告人。
第三人参加到他人正在进行的诉讼中。第三人是相对于原被告而言，他是加入别人的诉讼中。第三人的加入，还以原被告的诉讼已经开始，且尚未终结为条件。
被告是被指明侵犯原告利益，需要追究民事责任，并经法院通知其应诉的人。
第三人是相对于原被告而言的，分为有独立请求权的第三人和无独立请求权的第三人，其案件的处理结果与其有法律上的利害关系。
