无纸报关的缺点是增加了工作量。优点就是方便了手续。
1、从报关网站的运作来看，虽然是无纸通关，但实际上需要邮寄报关材料。这是海关改革的一部分。事实上，它还涉及外汇、电子口岸等。许多部门确实可以实现看似不错的无纸通关。无纸化报关节省了很多报关环节，如现场单证审核、现场税收征管、银行纳税、海关税收审核等，对于过去一两天内放行的货物，只需半天时间，不仅加快了报关速度，同时也为企业节约了物流成本。
2、无纸化报关是我国海关监管形式的必然变化。根据海关总署的要求和国家发展的需要，无纸化报关是报关发展的必然趋势。无纸报关与以前的纸质报关进行了比较。在早期的纸质报关中，报关单的数据被发送到QP系统中的海关系统，然后纸质报关单被提交并在现场发布。无纸报关是将报关单数据和报关单（发票、装箱单、合同、报关委托书、提单等）上传到QP系统的海关系统。海关根据电子版直接在系统中检查放行报关单，如无异常，海关无需现场上交纸质文件或在办公室敲击键盘。
3、无纸通关减少了报关员的工作，但增加了企业的负担。扫描、归档、上传工作较多，部分企业人员资金较少。因此，一些企业表示抵制。虽然清关是无纸化的，但放行需要人来完成，因此港口报关行也需要钱来派人放行。虽然清关是无纸化的，但并非每个企业都能做到。目前，相关领域尚未实现无纸化，这是一个渐进的过程。
