主要區別是，科目分類不同、形態特徵不同、生境分佈不同，具體如下：
一、科目分類不同
1、蚰蜒
蚰蜒俗稱“ 錢串子”， “ 千足蟲”，是脣足綱、 蚰蜒目、蚰蜒科動物。
2、蜈蚣
蜈蚣，別稱天龍、百腳、吳公，是脣足綱、 蜈蚣目、蜈蚣科動物。
二、形態特徵不同
1、蚰蜒
呈灰白色，蟲體呈節狀，約10~15 節，每節有細長足1對，最後一對較長，背部從頭至尾有1條線狀黑斑，腹部灰白色，頭尾各1對觸鬚，兩側有1對黑色眼點，毒顎較大，末端有毒爪，與體內的毒腺相通。
2、蜈蚣
頭部有鞭狀長觸角，口腔由一對大顎和兩對小顎構成，一對聚眼。身體長而扁，頭部金黃色，背部暗綠色，腹部黃褐色。軀幹部分21節，每節有一對足， 第一對足成鈎狀，有毒腺，蜇人。最後一對向後延伸成尾狀。
三、生境分佈不同
1、蚰蜒
棲息在房屋內陰濕的地方。捕食小動物。 全國大部分均有分佈。
2、蜈蚣
棲息於腐木、石隙中，晝伏夜出。捕食小動物。 主要分佈於湖北、浙江、四川的丘陵低山地區。
蚰蜒：身體較短，步足細長。移動速度較快
2、蜈蚣
蜈蚣的腳呈鈎狀，鋭利，鈎端有毒腺口，一般稱為齶牙、牙爪或毒肢等，能排出毒汁。
