將兩條及兩條以上的基因用序列比對分析軟件進行比對，分析被比對基因之間的同源性，差異性，常用比對軟件有: DNAMAN，DNASTAR，sapegene，一些在線網站也能比對分析，例如NCBI。
可以用於血緣關係的親子鑑定
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基因比對是幹什麼用
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