主要區別在防護效果上。
兩種口罩都能起到隔絕作用，5層效果更好些。
其中4層是由三層無紡布加上一層熔噴布過濾層，5層是在四層的基礎上增加了一層活性炭層。
它們的區別在於口罩5層比口罩4層的防護效果更好一些。因為口罩5層比口罩4層增加了一層活性炭層或無紡布層，因此， 對灰塵、細菌、飛沫等微粒起到很好的隔絕作用，更容易防住細菌進入。
區別在於，五層的防治細菌的功能都要好過四層過濾的。
目前大部分醫用口罩的層數都為三層，三層口罩主要是由兩層無紡布層加上一層熔噴布過濾層製作而成的，在正確方法下使用的話能對灰塵、細菌、飛沫等微粒起到很好的隔絕作用。
而四層的口罩一般是在三層口罩的基礎上增加了一層活性炭層或無紡布層，所以相對來説四層口罩的防護效果會更好一些，但同時佩戴起來也會更悶一些。
