檢察院立案偵查的案件的程序為：接受案件，進行審查，再由本偵查部門進行初查，如果不屬於檢察院偵查範圍的，移送到有關機關。如果有犯罪事實，需要製作《立案報告書》。再進行詳細偵查，可以採取拘留、取保候審、逮捕等強制措施，最後查明犯罪事實的，偵查終結，移送審查起訴部門。
法律依據：《刑事訴訟法》第十九條刑事案件的偵查由公安機關進行，法律另有規定的除外。人民檢察院在對訴訟活動實行法律監督中發現的司法工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、非法搜查等侵犯公民權利、損害司法公正的犯罪，可以由人民檢察院立案偵查。對於公安機關管轄的國家機關工作人員利用職權實施的重大犯罪案件，需要由人民檢察院直接受理的時候，經省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案偵查。
被害人及其法定代理人、近親屬，認為公安機關對其控告的案件應當立案偵查而不立案偵查，或者當事人認為公安機關不應當立案而立案的，可以提供公安機關作出相應決定的法律文書及申訴材料、相關證據、身份證明等到檢察機關申訴，請求檢察機關進行立案監督。
檢察機關接收當事人的申請材料後，會及時審查材料，作出相應處理：
一、沒有犯罪事實發生，或者犯罪情節顯著輕微不需要追究刑事責任，或者具有其他依法不追究刑事責任情形的，及時答覆當事人
二、不屬於被投訴的公安機關管轄的，應當將有管轄權的機關告知投訴人或者行政執法機關，並建議向該機關控告或者移送
三、公安機關還未作出不予立案決定的，移送公安機關處理
四、有犯罪事實需要追究刑事責任，屬於被投訴的公安機關管轄，且公安機關已經作出不予立案決定的，應當要求公安機關書面説明不立案理由。
公安機關説明不立案或者立案的理由後，檢察機關偵查監督部門應當進行審查，認為公安機關不立案或者立案理由不能成立的，經檢察長或者檢察委員會討論決定，應當通知公安機關立案或者撤銷案件。
