1、科屬區別：上文已經介紹過，二者雖然都是鯉形目鯉科中的魚，但二者的類別並不是完全相同的。其中棒花魚是棒花魚屬的，蛇鮈則是鮈屬的。可見，二者並不是完全相同的兩種魚。
2、背鰭區別：從外觀來看，棒花魚和蛇鮈比較明顯的一個特徵就是它們的背鰭不同。棒花魚的背鰭十分發達，比較大而蛇鮈的背鰭比較短，並不發達。
3、顏色區別：棒花魚和蛇鮈的顏色也有一定的差異。棒花魚的背部顏色一般是棕黃色的，頭部是烏黑色，腹部是銀白色。而蛇鮈的背部顏色是深灰色的，腹部也是銀白色的。
4、分佈地域區別：棒花魚和蛇鮈的分佈地域也有一定的差異。其中，棒花魚不僅在我國有分佈，而且在周邊國家比如日本和朝鮮也有分佈而蛇鮈則是我國特有的一個物種。
