新一出現
1、第001話 雲霄飛車殺人事件
高中生偵探工藤新一被稱爲“日本警察界的救世主”而響譽全國，他幫助警方解決了很多棘手案件。
某日，他和青梅竹馬小蘭一起去坐雲霄飛車時遇到了一起因情生恨兇殺事件，其中，有兩名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟蹤卻被發現，黑衣給他灌下毒藥後離開，當被警察發現時，工藤已變成了小孩兒的模樣。
2、第172話 飛天密室
小蘭在去沖繩旅行的飛機上想起了一年前新一在飛機上首次處理命案的事情，當時正值深夜，飛機上所有的人都在睡覺，突然傳來一聲尖叫，一名叫大鷹的男子在廁所被人殺害，碰巧目暮警官也在飛機上。
於是新一和目暮警官一起對機艙上所有可疑的人進行了調查，在尋找兇器無果後，新一想到兇器一定就在兇手身上。
3、第173話 飛天密室
新一要求在次對嫌犯的物品進行搜查，可依舊沒有發現可疑物品，之後，新一在鷺沼的座位上發現了底片的碎片，並將所有人的證詞、座位上的底片、牆壁上的血漬和被害人口袋被弄溼都串成了一線，雖然鷺沼的嫌疑最大，但新一卻說兇手不是他，因爲他被真兇所利用，推理一步步接近真相。
小蘭被綁架
1、第316話 愛與決斷的衝擊(上集)
參加網球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內觀光的途中，園子撿到一部手機。手機的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶着手機出現在咖啡店。
小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進行調查決心已定要組織這場謀殺！
2、第317話 愛與決斷的衝擊(下集)
出席熊本網球大會的柯南他們，大會當日小蘭被誘拐。柯南迴想小蘭電話中內容判斷出小蘭現在咋橫濱並在獲悉園子所拾到的手機中接收到的兩條短信的內容後，知道內容來自倉庫。在救出小蘭之後衆人發現立川的目的。
頒獎典禮上立川果然當中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復仇之路。
3、第605話 鸛的探索之旅(小蘭搜尋篇)
爲了讓扭傷腳的柯南療養腳傷，大夥兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個小女孩在一起，同時照片上還出現了一個行蹤可疑的男人。這時，柯南他們遇到了服部，他受人委託前來找一個叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個孩子。
據陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時他美術館裏的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進行尋找時，陽菜和小蘭遇到了危險。
