一是面對人羣不同。城鎮職工醫保主要面向有工作單位或從事個體經濟的在職職工和退休人員。城鎮居民醫保主要面對具有城鎮戶籍的沒有工作的老年居民、低保對象、重度殘疾人、學生兒童及其他城鎮非從業人員
二是繳費標準及來源不同。城鎮職工醫保由用人單位和職工個人共同繳納，不享受政府補貼。城鎮居民醫保繳費標準總體上低於職工醫保，在個人繳費基礎上政府給予適當補貼
三是待遇標準不同。城鎮居民醫保由於籌資水平較低，醫療待遇標準總體上略低於職工醫保。
四是繳費要求不同。城鎮職工醫療保險設立最低繳費年限，達到繳費年限(男25年、女20年)的，退休後不再繳費即可享受基本醫療保險待遇城鎮居民醫療保險不設立最低繳費年限，必須每年繳費，不繳費不享受待遇。
