区别如下：
1、开发者区别：MP4视频格式是由MPEG（Moving Picture Experts Group，动态图像专家组）开发，而mkV则是由CoreCodec Inc开发。
2、支持的视频格式区别：MP4支持MPEG-2 Part 2， MPEG-4 ASP， H.264/MPEG-4 AVC， H.263， VC-1， Dirac等格式MKV则支持任何格式。
3、支持的音频格式区别：MP4支持MPEG-2/4 (HE)-AAC， MPEG-1/2 Layers I， II， III (MP3)， AC-3， Apple Lossless， ALS， SLS， Vorbis等格式，MKV则支持任何格式。
4、支持的移动设备区别：MP4支持所有的移动设备（苹果，安卓，索尼和微软等），而MKV则几乎所有移动设备都不支持。
区别是指代不同和编码不同和特点不同。
一、指代不同1、mp4：是一套用于音频、视频信息的压缩编码标准，由国际标准化组织（ISO）和国际电工委员会（IEC）下属的“动态图像专家组”制定。2、mkv：是一种开放标准的自由的容器和文件格式，是一种多媒体封装格式，能够在一个文件中容纳无限数量的视频、音频、图片或字幕轨道。
二、编码不同1、mp4：对于不同的对象可采用不同的编码算法，从而进一步提高压缩效率对象各自相对独立，提高了多媒体数据的可重用性允许用户对单个的对象操作，提供前所未有的交互性2、mkv：对于携带了音频、字幕的视频文件是对于3D立体影像视频是3D对于单一的纯音频文件是对于单一的纯字幕文件是。
三、特点不同1、mp4：是一个公开的平台，各公司、机构均可以根据MPEG-4标准开发不同的制式，因此市场上出现了很多基于MPEG-4技术的视讯格式，例如WMV 9、Quick Time、DivX、Xvid等。2、mkv：能容纳多种不同类型编码的视频、音频及字幕流，甚至囊括了RealMedia及QuickTime这类流媒体，可以说是对传统媒体封装格式的一次大颠覆。
