首先是培养基不同。蘑菇菌种的培养基多数是用谷子，小麦，玉米，棉籽皮等做成的。它的营养价值很高，菌丝生长的更壮。生命力很强。而菌包都是用秸秆，锯末等做成的。菌丝生命力一般。其次菌种培养基都是经过高温灭菌处理的，而菌包可以发酵。或者生料出菇。高温灭菌的不多。
蘑菇菌包和菌种的区别
菌包是养殖蘑菇用的，里面是各种木屑稻壳等等和蘑菇菌种(孢子，也可以理解为蘑菇的种子)混搭的。
菌种：菌种则是用于繁殖的种子，是指食用菌、工业菌、农用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料，其中包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。
