匈牙利离柴佩尔自由港 近，是该内陆国的最大进出口岸，通过多瑙河与海外连接。马哈特自由港 (Marhart Freeport)是 1972 年建立的多瑙河上第一座集装箱码头，码头线长 2，000 米，有占地 95，000 平方米的仓库和占地 70，000 平方米的露天堆场。
匈牙利水运航道里程截止2013年底约有1622公里，巷道主要在多瑙河和蒂萨河上。水运在匈牙利交通运输中起辅助作用，仅占货运总量和城际旅客运输量的3.26%和1%。
匈牙利海关根据世界国家经济发展程度的不同，实行区别对待的关税政策，除最惠国待遇外，给予一些发展中国家普惠制待遇、与中东欧国家按中欧自由贸易协定、与欧盟根据联系国协定规定的有关税率实行。根据中匈两国1990年签订的经贸协议，匈牙利给予中国最惠国待遇。
