波斯菊的种子是要等到花开谢之后采集的，收集的部位是顶部，等果实发黑之后，就可以采集了。大规模种植的波斯菊在采收种子的时候要整株切割下来，这样既可以节省时间，也会更有效率。
种子采集最好在温度较低的清早进行，这样可以让种子不至于受到暴晒，更适于保存。收集而来的种子要保存好，最好用密封的容器装起来，同时也不要让阳光暴晒，最好放在温度在15度左右的地方保存这样才能够保证种子来年的成活率。
波斯菊种子采收的收获部位是波斯菊的头状花序。当其凋谢后，待大部分瘦果发黑后即可把它剪下，待晒干后，再筛选出种子。然后在保证品种净度、正常含水量、无异物污染之前提下按照种子出芽率来给它划分等级。包装后将种子置于干燥避光、通风良好且环境温度在10～15℃之处进行贮藏。
种子的保鲜处理是很重要的，储存不当会导致种子的发芽率下降或者是直接使种子坏掉。按照上述方法处理，波斯菊的种子通常能够存放1～2年且保持相当的发芽率。
