两者的区别比较明显。
巫觋文化里鬼神迷信色彩浓厚，而祭祀文化则注重于人们对美好愿望的寄托与企盼。
巫觋文化指古代称女巫为“巫”，男巫为”觋“，合称“巫觋”。由此发展出来的文化就称为巫觋文化，充斥着浓厚的封健鬼神迷信和因果报应色彩而祭祀文化则不同，宅是一种信仰活动，源于天地和谐共生的信仰理念。
据现代人类学、考古学的研究成果表明，人类最原始的两种信仰：一是天地信仰，二是祖先信仰。天地信仰和祖先信仰产生于人类初期对自然界以及祖先的崇拜，由此产生了各种崇拜祭祀活动。春节、端午节、清明节、重阳节等是由原始信仰形成祭祀天地神灵、祖先的节日，逐渐成为了中华民族的传统文化习俗。
巫觋文化和祭祀文化的区别
巫术是人类最原始的宗教形式。从古史数据和人类学理论来看，三代以上，三皇五帝时代的巫觋已比较接近于沟通天地人神的萨满。而夏商周三代的古巫虽带有上古巫觋的余迹，但已转变为祭祀文化体系中的祭司阶层，其职能也主要为祝祷祠祭神灵，而非巫术。
三代古巫的记载出现在文字产生之后，这时中国文化已经历了原始发育的很长一个过程，神灵的观念早已出现，献祭媚悦神灵的行为已成为文化—宗教的重要形态，原来部落的公共巫师已转变为祭祀文化结构中的一个角色，早期的巫觋文化已经演进为祭祀文化，这是上古宗教文化第一次重要的转变。
祭祀文化及其背后的信仰特性，正是西周春秋时代思想发展面对的主要对立面。
人类历史上最初的祭祀崇拜形态可能是对自然物和自然势力的崇拜，即崇拜那些和人自己生活密切相关或人类对之依靠性很强的物体。
自然物崇拜与自然神崇拜作为原始信仰是不可分的，人在对自然物体进行崇拜时，总是将某种神性赋予了自然物体，或以自然物体具有神性为前提。
巫觋文化和祭祀文化的区别
祭祀文化，指的是每年农历三月“清明节”，蓼泉、沙河、板桥等地举行“城隍爷”出府游行的祭祀活动。祭祀的对象就是神灵。万物有灵形成多神崇拜，也使人们的祭祀对象繁多。
巫代表女，觋代表男
过去有一种说法，认为巫能请神，萨满只过阴，其实并不严格。 中国绝大多数的民族的巫既会请神，也会过阴，萨满也是如此。随着巫职的扩大，巫或萨满往往有一两个助手，从事某些宗教活动，如占卜、预知、驱鬼、治病等等
