1880年9月11日，孔祥熙出生于山西省太谷县程家庄。两年后其妹诞生，取名祥贞。孔祥熙是孔子的第七十五代裔孙。
1884年（清光绪十年）：始读《三字经》、《论语》等。
1886年（清光绪十二年）：母庞氏不幸病逝。其后随父至外祖父所居地太谷县南张村，并就读于其父创办的私塾，自此读经习字为时4年。
1889年（清光绪十五年）因患病求治于传教士创办的基督教诊所，并很快获痊愈。此事令其改变对西方传教士的看法，由心存畏惧转而为仰慕和信赖。
1890年至1893年（清光绪十六~十九年）在基督教公理会所办的小学校就读，以优异成绩毕业。
1894－1899年（清光绪二十~二十五年）由基督教公理会保送至潞河书院就读，在此皈依基督教并成为一名讲经布道人。
1900年（清光绪二十六年）6月义和团运动波及北京后，潞河书院停课。孔祥熙赶回太谷老家后不久，便和当地洋教士一起被困在福音院内被救出后一直藏匿至形势稍有缓和，方才赶去北京向教会文面汇报山西局势。旋即陪同文阿德返回山西处理当地“教案”。
