加密是APFS原生支持的特性，用户可以针对每个卷选择下列任何一种加密方法：不加密，统一用一个密钥加密，或多密钥加密（针对每个文件使用专用密钥加密，同时针对敏感的元数据使用一个单独的密钥）。多密钥加密可确保哪怕设备物理安全受到威胁，依然可以保障用户数据的完整性。取决于具体硬件，APFS加密可使用AES-XTS或AES-CBC算法。
对于使用APFS文件系统的存储设备，在启用加密功能后，安全擦除的过程将变得大为简便和快捷，不再需要耗费大量时间多次给存储设备填充随机数据，只需要删除加密所用的密钥即可。
