地面先铺上一层麦秸或稻草，再堆瓜2～3层。摆冬瓜尽量使冬瓜保持在田间生长时的状态，原来卧地生长的要平放，原来是吊着生长的要蒂柄自上直立放。每堆之间留有空道，以通风散热。
贮藏期间注意通风换气。晴天敞开门窗，保持室内空气新鲜、干燥、凉爽。天气变冷，室内温度过低时，在瓜堆上覆盖秸秆或稻草，防寒保暖。经常检查瓜堆，发现霉烂瓜及时挑出，防止瓜病蔓延。在贮藏室内用竹竿、木料搭一层层的贮藏架，每层架先铺秸秆再摆瓜。这样可以增加贮窒贮瓜量，还有利于室内通风透气。
把冬瓜放进地窖，冬瓜沿窖四周按西瓜生长的原来姿态分层摆放、中间留出空间以便检查和装卸，窖口规格为1米见方并略高出地面，用支架撑起遮阳物用于遮阳、防雨。窖温保持在15℃左右，窖内二氧化碳浓度为2%～4%，这样的冬瓜一般可以保存三个月左右。
盐水保鲜：选取成熟的中等大的冬瓜，放入浓度为15%的盐水中浸泡。然后捞起晾干，再密封在聚乙烯袋里，藏入地窖，也可在窖里设置木板做成集装箱，将冬瓜放入箱内保存，这样的冬瓜至少可以保存一年左右。温馨提示：贮藏期间要注意查窖，随时将松软发霉腐烂的冬瓜检出地窖，防止病菌传播。
同时将病冬瓜周围的冬瓜检出单独存放，并做好消毒处理。冬瓜贮藏期，只要能掌握好温、湿度环境条件，一般均可贮藏3-4个月或更长时间
