德牧眼睛杏仁形，颜色尽可能和被毛的颜色相配，暗黑色为上，暗红为次，眼睛的颜色越重越好，直视前方。眼睛不能有任何的膨胀或突出，必须流露出活泼、机警和智慧的神情。
眼睛分隔的距离适中，位置稍斜。眼睛可以是棕色或蓝色两眼颜色不同，或每只眼都有两种颜色是可以接受的。
德国牧羊犬的眼睛大多是棕色或黑色的。如果出现深绿色等其他颜色，则是劣势。德国狗的眼球结构比较特殊。人们还发现，狗可以区分不同深浅的灰色和一些颜色，尤其是蓝色和紫色。
当光线通过视网膜到达德国狗眼球后部的虹膜时，再次被虹膜反射，在视网膜上形成图像，这就是猫狗可以借助弱光在夜间捕猎的原因。虹膜反射的光还是会通过视网膜，这就是为什么狗的眼睛在昏暗的光线下会发光。
