国债逆回购手续费用在0.001%-0.030%。有些证券公司最低收费标准为1元，即在每笔交易不足1元的时候，按照1元收取，不同周期的国债逆回购，费用率有所不同，其具体标准如下：
1、1天成交金额的0.001%(十万分之1)
2、2天成交金额的0.002%
3、3天成交金额的0.003%
4、4天成交金额的0.004%
5、7天成交金额的0.005%
6、14天成交金额的 0.010%
7、28天成交金额的0.020%
8、28天以上成交金额的0.030%。
比如，投资者交易1天其的国债逆回购20万元，则其需要交纳的手续费用=200000×0.001%=2元。
同时，需要注意的是，国债逆回购手续费用是单向收取的，与股票不一样，不需要交纳过户费用，印花税，交易沪深深市的国债逆回购都是1000元起，申报价格最小变动单位为0.005。
国债逆回购手续费是根据交易天数来计算的，经常操作的品种有1天、2天、3天、4天、7天。通常是十万分之一，比如1天10万收取1元手续费。上交所和深交所都一样。国债逆回购的交易费用标准为：1天是0.001%2天是0.002%3天是0.003%4天是0.004%7天是0.005%14天是0.01%28天是0.02%28天以上是0.03%。
