电精2的剧情结构与电精1一样，只是针对的敌人由Girulian（墨镜男）变为了超级电脑，剧情有点像电影《机械公敌》。
电精1代是个铺垫，而2代才是拯救世界的正题，当1代主角魔傀完成任务击败墨镜男Girulian时，墨镜男说出了自己发现的真相，支配世界规则、创造和平的超级电脑“控制体”已经走向了开始控制人类的计划，而墨镜男的真实意图是在秘密调查和阻止控制体的发展（墨镜男由此被洗白）。人类的命运应当由人类自己主宰，自此，电精2剧情展开。
由墨镜男Girulian（1代BOSS），天使（衣世妹妹Zeldia的本体），黑骑士，BELVA（强化改造升级的机器人），肌肉男，忍者刃零，改造实验体skullbyule（变蝇人），胧·天明8人联手，一同前往击败控制体（超级电脑），拯救人类世界。
