合理轮作，远离菌源。
枯萎病和青枯病的病原菌均为“土壤习居菌”，是非常严重的土传性病菌。枯萎病病菌以真菌的菌丝体、厚坦孢子或菌核在土壤中越冬，可在病残体中存活5-7年进行腐生生活青枯病病菌也可随病残体在土中越冬，存活14个月至7年。
因此，只要土壤中残存这两种病菌，1年感病则年年发病。因此，应该在已发病的土地上实行2-5年轮作换茬种植，或水旱轮作效果更优。同时，种植前要彻底清除、烧毁病残株，不用病株沤肥，不施未腐熟的有机肥，农事操作尽量减少蔬菜植株伤口，改善排灌条件，从多方面避开菌源。
选育和推广栽培抗病品种。
枯萎病和青枯病的病原菌具有生理小种分化现象，而不同的生理小种有不同的致病能力和寄主范围。所以，选育和推广抗病的蔬菜品种成为可能，这是抵抗和减轻病害的有效途径和必要措施。
种子和蔬菜苗床消毒，消除菌源。
