医保电子凭证和农合区别有以下几方面。
1、签发单位不同：医保电子凭证是由国家医疗保障局签发的电子社保卡是由国家人力资源和社会保障部签发的
2、领取条件不同：医保电子凭证只要参加了医保的用户就能领取电子社保卡必须是有实体卡的基础上才能激活、领取
3、功能不同：医保电子凭证可以实现药店买药、定点医院查询电子社保卡不具备医保电子凭证这两个独有功能。
医保电子凭证和农合有一定关系分别的。
微信里面的电子医保和农合有关系，微信电子社保卡是农合信息的凭证之一。替代了以往的新农合证。
电子社保卡是社保卡线上应用的有效电子凭证，与实体社保卡一一对应、唯一映射，由全国社保卡平台统一签发，人力资源社会保障部统一管理。
医保电子凭证，是基于医保基础信息库为全体参保人员生成的医保身份识别电子介质。电子凭证通过实名/实人认证技术，采用加密算法形成电子标识，具备安全可靠、认证唯一等重要特点。参保人可通过电子凭证享受各类在线医疗保障服务，包括医保业务办理、医保账户查询、医保就诊和购药支付等。
农合是指新型农村合作医疗，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
