原核细胞有没有等位基因

没有。

因为等位基因是针对具有同源染色体的生物而言的。原核生物只具有一个环状拟核DNA，因此不存在等位基因。等位基因是指在一对同源染色体上，占有相同座位的一对基因，它控制一对相对性状。细菌如果不考虑质粒，只有一个DNA分子，所以没有等位基因。