1、第83集《综合医院杀人事件》：毛利小五郎在住院的时候连续几天看到对面的房间有杀人的黑影，柯南听说了之后就打算陪夜。诡异的这一次出现的杀人场景居然是真的，毛利小五郎还昏倒在已经死去的江藤医生身边。由此成为了嫌疑犯。幸亏柯南识破了镜子犯案的手法，抓到了真凶毛利的主治医师。
2、第199～200集《嫌疑犯毛利小五郎》：柯南、小兰和小五郎一行三人到饭店避暑，小五郎酒醉未归。此时突然有着案件的发生，律师律子被杀死，小五郎居然和被害人同在一个房间，这个房间还是一个密室，于是小五郎就成为了最大嫌疑犯。所幸的是柯南解开了这个密室杀人的手法，又还了小五郎清白。
3、剧场版《零的执行人》：东京湾边的新建筑“海之边缘”，发生了发生超大规模的爆炸事件，现场证物上留下的指纹，竟然和毛利小五郎的指纹的一样，于是小五郎又是不幸被当作最大的嫌疑人，又是柯南为他洗清冤屈。
