检疫起源于1377年，当时意大利威尼斯为防止那时欧洲流行的鼠疫（黑死病）、霍乱和疟疾等危险性疾病的传入，令抵达其口岸的外国船只上的人员隔离滞留在船上40天，经口岸当局观察和检查，如未发现疾病，才允许其离船登陆。其理由是，如果患有某种传染病，一般在40天之内就可能表现出来。这种原始的隔离措施，在当时对防止鼠疫等传染病的传播起过很大的作用。
人们从这一做法中得到启示，“检疫”两字的内涵和应用也就逐渐扩大。随着科学技术的不断发展，不少国家陆续采用了这种规定，将原本是针对人而采取的卫生检疫手段，用于兽医预防动物危险性传染病的传播，称为“动物检疫（animal quarantine）”，从而“40天”也就逐渐成了“检疫”的代名词了。
以后又对进入口岸的植物及植物制品进行检疫，以防止植物病虫害及外来有害物种的侵入。
