一、证件持有人不同
1、回乡证：
全称“港澳居民来往内地通行证”。凡具有中国籍的香港、澳门居民不管是否持有外国护照和旅行证件，只要未向国籍管理机关申报为外国人，均可申领通行证。
2、港澳通行证：
全称“中华人民共和国往来港澳通行证”。是中国内地居民因私往来香港或澳门地区的证件。
二、用途不同
1、回乡证是是具中华人民共和国国籍的香港特别行政区及澳门特别行政区居民来往中国内地所用的证件。
2、港澳通行证是中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
三、签注种类不同
港澳通行证分为个人旅游、团队旅游、探亲、商务、其他、逗留等种类。回乡证没有种类区分。
