在饮用水中所测得的细菌菌落总数除说明水被生活废物污染的程度外，还指示该饮用水能否饮用。但水源水中的细菌菌落总数不能说明污染的来源。
因此，结合大肠菌群数以判断水的污染源的安全程度就更全面。 我国现行《生活饮用水卫生标准》（GB5749--2006）规定：细菌菌落总数在1 mL自来水中不得超过100个。
细菌种类很多，有各自的生理特性，必须用适合它们生长的培养基才能将它们培养出来。然而，在实际工作中却不易做到，所以通常用一种适合大多数细菌生长的培养基培养腐生性细菌，以它的菌落总数表明有机物污染程度。
水中细菌总数与水体受有机污染的程度成正相关。因此细菌总数常作为评价水体污染程度的一个重要指标。细菌总数越大，说明水体被污染得越严重。
