一般来时，起始密码子最常见的有3-4种，分别是AUG、编码真核生物中的甲硫氨酸和原核生物中的N-甲酰甲硫氨酸（fMet），GUG（缬氨酸）或AUA（异亮氨酸）、UUG （亮氨酸）等也用作起始密码子（少数生物中）。
AUG。
mRNA上的碱基顺序每3个碱基用解读框架划分开，可决定其所生成蛋白质的氨基酸顺序，为了使碱基顺序作为遗传信息能正确转译，通常需要从某个特定的位置开始转译。这个起始点的密码子就叫做起始密码子，被认为对应于AUG。
绝大多数生物的起始密码子 （initiation codon）都是AUG，作为多肽链合成的起始信号，同时编码一种氨基酸，原核生物的起始密码子AUG翻译对应的是甲酰甲硫氨酸（fMet），真核生物的起始密码子AUG翻译对应的是甲硫氨酸（Met）。某些原核生物也以GUG和UUG为起始密码子。
