优点：克服大肠杆菌表达系统的不足，能繁殖快，高密度发酵，可以进行蛋白质翻译后的修饰合加工。
缺点：缺乏强有力的受严格调控的启动子，分泌效率低，尤其是对于分子质量大于30KD的目的蛋白分子几乎不分泌。不适于高密度培养。
甲醇酵母表达系统：具有翻译后加工的功能，有适合真核生物基因产物正确折叠的细胞内环境和糖链加工系统。还能分泌目的基因产物导培养液中，有利于纯化等。
酵母表达系统兼有原核和高等真核系统的优点，具备培养条件普通、生长速度快、成本相对较低、能进行蛋白翻译后加工、易获得可溶性活性重组蛋白等特点，被广泛用于重组蛋白尤其是真核蛋白的生产制备。
其中巴斯德毕赤酵母（Pichia pastoris）因其生长速度快、商业化表达载体丰富、可获得高效的分泌表达等优点，使其成为酵母表达重组蛋白的优先选择。
