黑客帝国三部中有两个叛徒！
第一个是人类叛徒，叫做赛弗。
赛弗曾经给尼奥他们，带来了巨大的威胁。赛弗不但出卖了墨菲斯，导致他被抓，还连续杀死了三个船员。那个最初被乱枪打死的船员老鼠，其实也是赛弗变相害死的。
如果不是赛弗一时疏忽，被装死的船员坦克骗过，连尼奥和崔妮蒂也别想活。也就是说，第一集中特工其实并没有杀死一个船员，全部都是被赛弗害死的。
第二个是特工史密斯。
史密斯被尼奥消灭后，按照这个规则史密斯应该被矩阵删除彻底消失的。但是，由于史密斯被尼奥消灭前明明是史密斯先把尼奥杀死了，从这点来说史密斯确实完成了自己的任务，是不应该被删除的，但之后尼奥又摧毁了史密斯，从这点来说史密斯就应该被删除，这很明显是一个前后自相矛盾的逻辑错误，而一切都按照方程式严格运作的矩阵是处理不了这种逻辑错误的。
结果因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了之后的史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，开始在矩阵中不断感染其他程序，不断扩张，之后连先知也被史密斯感染，史密斯因此占领了整个矩阵并准备入侵机器城。
