为什么只扣了医保没扣社保

原因是分开扣费，而且因为首月没有同步扣，所以才出现扣费明显减少的情况。根据国家机构改革关于部门职能调整要求，自2020年1月1日起职工医保征缴职能正式由社保部门划归医保部门。对于灵活就业参保人来说，职工养老部分缴费由社保部门负责扣缴保部分缴费由医保部门负责扣缴。