谐波补偿和无功补偿中的补偿都是补偿无功功率，也就是提高功率因数。谐波补偿还兼顾了谐波治理。也就是谐波补偿中电容器还串联了电抗器，电容和电抗构成了滤波器，在特定次数的谐波频率下发生串联谐振，特定次数谐波阻抗很低，因此系统中的谐波就在滤波器中流动，不再流向系统连接点，起到了滤波谐波的作用。
而无功补偿一般是不串电抗或串1%6%12%的电抗（主要是保护电容器，避免谐波过电压）。只发出无功，不能滤波。
它们的区别是，如果系统内有谐波的存在，且超过标准，一般就要上滤波补偿，如果谐波不超标，一般可以上常规的无功补偿。
