违法。
建议先和用人单位协商维权，如果协商不成，再依法维权。可去人社部门社保监察大队进行行政投诉，可去用人单位所属地区的劳动仲裁机构申请仲裁，如果不服劳动仲裁机构的仲裁，可以去人民法院提起诉讼。相关法律规定，公司必须保护职工的合法权益，依法与职工签订劳动合同，参加社会保险，加强劳动保护，实现安全生产。
问题所述内容，单位员工的补充医疗保险是单位职工福利的重要组成部分，单位擅自克扣是不应该的。但也不至于到违法的程度。
因为单位的补充医疗保险是根据单位盈利状况，可投入资金及设计方案等等，众多因素决定的。而且大部分补充医疗保险都是一年期的，每一年都可以根据情况调整方案和资金投入。补充医疗并不是在必须执行的方案之列，可以配置，也可以不配置，所以只会存在方案是否合理的情况，不会出现是否合法的情况。
当然不合法，因为这是单位应该缴的部分，应当由单位出资缴纳。本来，社会保险就是由劳动者个人与单位共同承担的应尽责任，因为员工离职而扣除单位应缴的部分与情与法都说不过去。直接找劳动部门投诉就可以了。企业以员工缴纳医保为由不给员工缴纳医保这是不合法的。
