区别有两点：
1、信息收集不同：
产检建档可以使信息收集更完整。
2、在建档医院生产的资格不同：
不建档没有在建档医院生产的资格。一般不在医院建档，很难在该医院正常待产、生产，急诊除外。
建档可以对孕期做一个规划且对于孕检信息收集完整，也就意味着可以在建档医院生产。一般不在医院建档，很难在该医院正常待产、生产，急诊除外。 孕妇建档都是遵循自愿原则的，医院不会强制孕妇进行建档。至于孕妇建档的费用也要依据不同医院的规定。
孕妇选择在哪家医院生产，就在哪家医院建立档案，最好不要中途转院，以确保信息的全面性和连续性。孕妇建档主要是为了能够全面地掌握准妈妈身体状况和胎儿的发育情况，以便更好地应对孕期发生的状况。
临产时医生也会根据档案中的记录和准妈妈的身体状况，来决定是顺产还是剖宫产，万一有特殊情况，也可以在短时间内做出准确的判断。
而不建档，很多医院是不同意在该医院待产和分娩的。首先没有文字资料系统的管理孕产期，再次出了什么意外医务人员也会无从下手还易引起纠纷。 所以建议您选择好医院就去建档，且在怀孕前三个月内及时建档。
区别：决是否能够早期排查胎儿问题，解决问题。
产检建档是在完善怀孕初期相关检查，包括孕妇全身多个气管系统功能的检查以及必要的影像学检查，包括B超、胎儿的超声，以及对胎儿的初步了解，可以初步排除严重的胎儿畸形，也可以有利预后续常规的产前检查、产前筛查，以及产前诊断。
不建档：则一些相关的检查或者后续需要做的基本检查就容易发生遗漏缺失，不利于母胎异常情况的及早发现。
产检建档后医院就开始储存你的孕期档案，所有产检的结果都会记录在案，包括上传到互联网。如果不建档，医院是没有你的任何资料的，也不利于你日后生产。
