1、黑衣组织被消灭了，直到最后灰原哀都没有成功研制出能够变回去的解药。但是她知道柯南一直喜欢的还是小兰，但是灰原哀即使知道柯南长不大还是会拒绝自己，最后没忍住还是向他告白了，最后灰原哀为了祝福他们，能让他们在一起拿出来最后一粒变小的药给小兰，然后头也不回地离开了。
2、灰原哀最终研发出了新的解药，她告诉柯南，并且给他了一颗。柯南成功恢复成了原来的样子，当他问起灰原哀为什么不吃，灰原哀撒谎告诉他，解药的成分太稀有，只能研制一颗。其实事实并不是这样，是她知道自己永远代替不了小兰，她宁可用灰原哀的身份默默的陪在柯南的身边，也不希望长大。
1、第一种结局
柯南会率领众多势力团对抗黑衣组织，而黑衣组织则被一网打尽，柯南和灰原哀都纷纷变回了原来的样子，然后新一和小兰就能永远在一起了。而灰原哀则默默地离去，并会找到一个非常优秀的男朋友，由于柯南和小哀的离去，少年侦探团也办不下去了，最后只能解散了。
2、第二种结局
《名侦探柯南》会一直连载下去，没有结局，因为作者舍不得让他结局，青山老师会让柯南、小兰等人一直那么年轻，作为我们的永远的陪伴。而到最后青山老师年老后，《名侦探柯南》会烂尾，然后就一直停留在那里，没有结局，但是会让无数人伤心，漫天空还是不希望发生这种结局。
