1、科属不同
牡丹花，是毛茛科、芍药属植物，为多年生落叶灌木。
水仙花，是石蒜科多年生草本植物。
2、形态特征不同
牡丹花，茎高达2米分枝短而粗。叶通常为二回三出复叶，偶尔近枝顶的叶为3小叶顶生小叶宽卵形，表面绿色，无毛，背面淡绿色，有时具白粉，侧生小叶狭卵形或长圆状卵形，叶柄长5-11厘米，和叶轴均无毛。花单生枝顶，苞片5，长椭圆形萼片5，绿色，宽卵形，花瓣5或为重瓣，玫瑰色、红紫色、粉红色至白色，通常变异很大，倒卵形，顶端呈不规则的波状花药长圆形，长4毫米花盘革质，杯状，紫红色心皮5，稀更多，密生柔毛。蓇葖长圆形，密生黄褐色硬毛。花期5月果期6月。
水仙花，鳞茎卵球形。叶宽线形，扁平，钝头，全缘，粉绿色。花茎几与叶等长花梗长短不一花被管细，灰绿色，近三棱形，扩展，白色，芳香副花冠浅杯状，淡黄色，不皱缩花柱细长，柱头3裂。蒴果室背开裂。花期春季。花序轴由叶丛抽出，绿色，圆筒形，中空外表具明显的凹凸棱形，表皮具蜡粉花白色，芳香花期1-2月。
