起源于殷商，出自子姓。帝喾之子契，因佐大禹治水有功，受封于商，故地在今河南商丘西南，赐姓子姓。传十四世至成汤，灭夏朝建立了商朝。大约在公元前1300年的商朝中期，商王庚自奄迂都于殷，国号也由商改为殷，史书也称殷商。
周武王灭商后，封商纣王之兄微子启于宋，是为宋国。在京城的其他商朝王室成员凡没有得到封号的，一概都以殷为姓，其后殷人四散。居于河南商水地区殷河的最古的殷人也姓殷。殷氏的历史至少有3000多年。
外族基因的流入殷姓一直是单一的族群，很少有其他基因的流入。直到清朝初期，满洲八旗音佳氏族全部改姓汉姓殷，并与当地的汉人混居同化，成为东北地区的汉族。因此，东北地区的殷姓中有一部分来自满族。
先秦时期，殷姓活动比较广泛，战国时期的河南的魏国、冀鲁地区的卫国、陕川一带的泰国都有殷人的足迹，但是河南地区一直是殷姓的主要活动地。
到秦朝末，殷姓的主要族群集聚在河内野王，即今河南的沁阳市。秦汉时期浙江的会稽地区已经有殷姓。西汉初期，殷姓南移到淮河上游的汝南和西华一带，形成著名的殷氏汝南望族。
三国两晋时，殷姓由淮河地区向东南迁移，过长江全面进入江南地区。到唐宋时期，殷姓在江苏形成了大族。明朝时殷姓已散播到全国各地。
