主要分为两个部分
第一部分为火影忍者，主要讲述了鸣人在卡卡西带领下的第七班一段时间的故事，也就是鸣人的下忍时期。
第二部分为火影忍者疾风传，疾风传的剧情较火影忍者来说剧情比较精彩，主要讲述了佐助为了寻求力量复仇而追随大蛇丸，叛逃木叶离开村子，鸣人跟随自来也学习忍术 离开村子一年之后返回村子发生的事。
在这个阶段晓组织开始出现，为之后的剧情埋下了伏笔。
再之后就是与晓组织各个成员的战斗。
大约到400多级时，整个动漫的高潮部分出现，也就是宇智波带土向五影宣战，宇智波佐助击杀兄长宇智波鼬等情节。这些都在为忍界大战这一剧情铺垫。
后来忍战爆发，宇智波斑与大筒木辉夜相继复活也由此而来。
动漫的结局算是圆满。在最终boss大筒木辉夜被鸣佐联合封印，鸣人和雏田结婚，忍界回复了和平，新的时代到来。（个人观点，如有不对的地方还请包涵。）
