公司办理食品经营许可证的流程是：
1、向当地市场监督管理局提交申请
2、提交公司营业执照、法定代表人身份证复印件、从业人员身份证复印件、健康证和知识培训合格证等材料
3、符合法律、法规和食品安全国家标准的，发给食品经营许可证。
食品经营许可证是指在中华人民共和国境内，取得营业执照等，从事食品销售和餐饮服务活动的合法主体，经食品药品监督管理部门审查批准后发给的食品经营许可凭证。食品经营许可实行一地一证原则，即食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，应当取得一个食品经营许可证。食品经营许可证发证日期为许可决定作出的日期，有效期为5年。
食品经营许可证申请条件：
1、申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人
2、具有与经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、销售、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离
3、具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施
4、有专职或者兼职的食品安全管理人员和保证食品安全的规章制度
5、具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物。
