1、形态特征不同
黄檀：树皮呈灰色，树皮开裂，条纹脱落，内皮赤褐色木材呈淡桃褐色、淡黄褐色，有金属光泽具间隔窄，有规则性的深褐色条纹气干比重值A.D.0.80－0.90交错木理，其具有加工性良好，木种材性具有光泽，纹理直，结构细而均。
金丝楠木：它的原生态植物是大乔木，高达30余米，树干通直。芽鳞被灰黄色贴伏长毛。小枝通常较细，有棱或近于圆柱形，被灰黄色或灰褐色长柔毛或短柔毛。
2、产地不同：
黄檀为生长于非洲加蓬、喀麦隆等热带雨林地区木材。金丝檀木木材种属为非洲的小斑马木，属苏木科树种中的一种木材。
金丝楠木生长于海拔1000到1500米的亚热带阴湿山谷山洼以及河边，其中品质最好的主要分布在中国四川邛崃、峨眉山，以及四川与云南接壤的地方。主要分布于中国四川、贵州等海拔1000-1500米的亚热带地区阴湿山谷、山洼及河旁。
