港澳通行证是我们国家一国两制的特殊产物，其实意义上来讲，跟护照和签证的差别不大。正常的讲，港澳通行证其实应该有通行证以及同行签注两样组成，而通行证的作用跟护照的一样，而签注的作用跟签证的作用是一样的。
意义在于，在一国两制的框架下维持香港特区高度自治权（包括出入境移民管制方面）。根据一国两制的安排，内地人士赴港澳需要申请并得到批准，现行制度下，不管是往来港澳通行证（双程证）还是前往港澳通行证（单程证）的签发均是内地公安机关，而非香港入境事务处/澳门治安警察局，香港入境处/澳门警察局只能在很有限的条件下拒绝上述证件持有者入境。
香港入境事务处/澳门治安警察局分别作为两地的移民执法机关，可以对任何访客实施出入境管制，包括大陆居民，以维持回归前的对外签证/入境许可政策、边境保卫的平稳过度，继续保持特区的发展。
