李亚农,1956至1962年,任所长。
沈以行,1979至1984年,任副所长,主持工作(1960至1968年,曾任副所长)。
唐振常,1982至1986年,任副所长,主持工作。
方诗铭,1984至1986年,任所长。
李华兴,1986至1994年,任副所长,主持工作。
熊月之,1994至2002年,任副所长,主持工作(1993年起任副所长)2002至2012年,任所长。
黄仁伟,2012年8月至2017年2月,任所长。
王健,2017年2月至2018年7月,任所长。
吴曼青,男,安徽桐城人,1965年8月生,中共党员,中国工程院院士,现任中国电子科技集团公司第三十八研究所所长。